Bilindiği üzere vergi incelemesi Vergi Usul Kanunu’nda düzenlenmiş müesseselerdendir. Kanun’un 140. maddesinde, vergi inceleme elemanlarının inceleme sırasında aşağıdaki esaslara uymaya mecbur oldukları belirtilmiştir:

1. İncelemeye tabi olan mükelleflere inceleme konusu, işe başlamadan evvel açık olarak izah edilmek durumundadır.

2. Vergi incelemesine başlanıldığı hususunun bir tutanağa bağlanması zorunludur.

3. Nezdinde inceleme yapılanın muvafakati olmadıkça resmi çalışma saatleri dışında inceleme yapılamaz veya incelemeye devam edilemez.

4. İnceleme bitince, bunun yapıldığını gösteren bir belgenin nezdinde inceleme yapılana verilmesi gerekmektedir.

5. Vergi kanunlarıyla ilgili kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ ve sirkülere aykırı vergi inceleme raporu düzenlenemez.

6. İncelemeye başlanıldığı tarihten itibaren, tam inceleme yapılması halinde en fazla bir yıl, sınırlı inceleme yapılması halinde ise en fazla altı ay içinde incelemelerin bitirilmesi esastır. Bu süreler içinde incelemenin bitirilememesi halinde ek süre talep edilebilmektedir. Bu talep vergi incelemesine yetkili olanların bağlı olduğu birim tarafından değerlendirilmekte ve altı ayı geçmemek üzere ek süre verilebilmektedir. Bu durumda, vergi incelemesi yapmaya yetkili olanların bağlı olduğu birim tarafından incelemenin bitirilememe nedenleri yazılı olarak nezdinde inceleme yapılana bildirilmek zorundadır.

Vergi Müfettişleri ile Vergi Müfettiş Yardımcıları tarafından düzenlenen vergi inceleme raporları, işleme konulmak üzere ilgili vergi dairesine tevdi edilmeden önce, meslekte on yılını tamamlamış en az üç Vergi Müfettişinden oluşturulan rapor değerlendirme komisyonları tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilmektedir. İnceleme elemanı ile komisyon arasında uyuşmazlık oluşması halinde uyuşmazlığa konu vergi inceleme raporları üst değerlendirme mercii olarak Maliye Bakanlığınca belirlenen tutarları aşan tarhiyat önerisi içeren vergi inceleme raporları ise doğrudan, Vergi Denetim Kurulu Başkanlığı bünyesinde oluşturulan merkezi rapor değerlendirme komisyonu tarafından vergi kanunları ile bunlara ilişkin kararname, tüzük, yönetmelik, genel tebliğ, sirküler ve özelgelere uygunluğu yönünden değerlendirilmektedir. İnceleme elemanları bu komisyon tarafından yapılacak değerlendirmeye uygun olarak rapor düzenlemek zorundadırlar.

Öte yandan Vergi Usul Kanunu’nun 413. madde hükmü uyarınca mükellefler, Gelir İdaresi Başkanlığı’ndan veya bu hususta yetkili kıldığı makamlardan, vergi durumları ve vergi uygulaması bakımından tereddüde düştükleri hususlar hakkında yazı ile izahat isteyebilmektedirler.

Gelir İdaresi Başkanlığı, kendisinden istenecek izahatı özelge ile cevaplandırabileceği gibi, aynı durumda olan tüm mükellefler bakımından uygulamaya yön vermek ve açıklık getirmek üzere sirküler de yayımlayabilmektedir.

Maliye Bakanlığı’nca 27.03.2013 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan 425 sıra no.lu Vergi Usul Kanun Genel Tebliği’nde Bakanlıkça mükelleflere tereddüt ettikleri hususlara ilişkin olarak verilen görüşlerin (özelgelerin) hukuki mahiyeti ile ilgili olarak aşağıdaki önemli açıklamalar yapılmıştır:

1) Rapor değerlendirme komisyonları vergi inceleme raporlarını özelgelere uygunluk yönünden değerlendirirken eleştiri konusu yapılan hususla ilgili olan ve Gelir İdaresi Başkanlığı’nca verilmiş özelgeleri (görüşleri) dikkate alacaktır.

2) Komisyonlar mükellef hakkında düzenlenen vergi inceleme raporlarını değerlendirirken adına rapor düzenlenen mükellefe verilmiş özelge ile sınırlı kalmayacaktır.

3) Vergi inceleme raporunda özelgede yer alan görüş aksine bir tenkit varsa rapor olumsuz değerlendirmeye konu edilecektir. Değerlendirmede en güncel özelge dikkate alınacaktır.

4) Merkezi Rapor Değerlendirme Komisyonu ile diğer rapor değerlendirme komisyonları yaptıkları değerlendirme sırasında, verilmiş bir özelgenin yanlış olduğu kanaatine varırlarsa ilgili yasal düzenlemeler çerçevesinde oluşturulacak olan bir komisyon tarafından bu husus ayrıca değerlendirilecektir. Bu komisyonca verilen kararlar, ilgili rapor değerlendirme komisyonu ile incelemeye yetkili olanı bağlamaktadır.

Görüleceği üzere mükellefler tarafından tereddüde düştükleri hususlar ile ilgili olarak Maliye Bakanlığı’ndan alacakları olumlu görüşler (özelgeler) vergi inceleme elamanlarını bağlamakta; böylelikle özelge aleyhine vergi inceleme raporu yazılmasının önüne geçilmektedir. Bunun tek istisnası yukarıda belirtilen 4 numaralı açıklama için geçerli olup bunun da uygulamada oldukça az karşılaşılabilecek bir durum olacağını belirtmekte fayda vardır.