Vergi Usul Kanunu'nun 378. maddesine göre kural olarak mükellefler, beyan ettikleri matrahlara ve bu matrahlar üzerinden tarh edilen vergilere karşı dava açamazlar. Bununla birlikte 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu'nun 27/4. maddesinde, ihtirazi kayıtla verilen beyannameler üzerine yapılan işlemlerden dolayı açılan davalarda tahsil işleminin durmayacağı, bunlar hakkında yürütmenin durdurulmasının istenebileceği belirtilerek, mükelleflere kendi beyanlarına karşı ihtirazi kayıt koymak suretiyle dava açabilecekleri belirtilmiştir. Ayrıca Vergi Daireleri İşlem Yönergesinin 39/4. maddesinde de mükelleflerce kanuni gerekçe gösterilerek beyan edilen matrah veya matrah kısmı üzerinden tarh edilen vergiye ihtirazi kayıt notu düşülebileceği ve dava yoluna gidilebileceği belirtilmiştir.

Yapılan vergi tarhiyatlarına karşı mükelleflerce vergi mahkemelerinde dava açılması tahsil işlemlerini kendiliğinden durdurmakla birlikte ihtirazi kayıtla verilen beyannameler üzerine tahakkuk ettirilen vergilerin idarece tahsili işlemleri ancak vergi mahkemesinin tarhiyatın açıkça hukuka aykırı olduğunu tespit etmesi ve bu tespiti gerekçe göstererek yürütmeyi durdurma kararı vermesi ile mümkün olmaktadır.

Mükelleflerin kanuni süresi içinde ihtirazi kayıtla verdikleri beyanlara dava açabilmeleri olanaklı iken beyannamelerin kanuni süresinden sonra verilmesi durumunda (düzeltme beyannameleri dahil) ihtirazi kayıt koymak suretiyle dava açabilmeleri hususu geçmişte çok sayıda vergisel ihtilafa neden olmuştur.

Kanuni süresinden sonra ihtirazi kayıtla verilen beyannameler üzerinden tahakkuk eden vergilere karşı dava açılamayacağı yönünde Danıştay tarafından verilmiş çok sayıda karar bulunmaktadır. Anılan kararlarda Vergi Usul Kanunu'nun 378. maddesinde yer alan, mükelleflerin beyan ettikleri matrahlara ve bu matrahlar üzerinden tarh edilen vergilere karşı dava açamayacakları hükmü gerekçe gösterilmiştir.

Son olarak ihtirazi kayıtla verilen kurumlar vergisi düzeltme beyannamesi üzerine tahakkuk eden kurumlar vergisi ile kurumlar vergisi üzerinden kesilen bir kat vergi ziyaı cezasının iptali talebiyle açılan davada, itiraz konusu kuralın Anayasa’ya aykırı olduğu kanısına varan vergi mahkemesi, Vergi Usul Kanunu'nun 378. maddesinin “mükelleflerin beyan ettikleri matrahlara ve bu matrahlar üzerinden tarh edilen vergilere karşı dava açamayacakları” hükmünü içeren ikinci fıkrasının birinci cümlesinin iptali için Anayasa Mahkemesi'ne başvurmuştur.

Başvuru kararında özetle; kanuni süresinde ihtirazi kayıtla verilen beyanname üzerine tahakkuk eden vergilere karşı dava açılabilmesine rağmen, itiraz konusu kural uyarınca beyan dönemi dışında verilen ve uygulamada düzeltme beyannamesi olarak bilinen beyannamelere ihtirazi kayıt konulamayacağı ve dolayısıyla bu tür beyannamelere karşı dava açılamayacağı, bu durumun kanun önünde eşitlik, hukuki güvenlik ve belirlilik ilkelerine aykırı olduğu ve hak arama hürriyetini sınırlandırdığı belirtilerek kuralın, Anayasa’nın 2., 10., 13. ve 36. maddelerine aykırı olduğu ileri sürülmüştür.

Anayasa Mahkemesi aşağıdaki gerekçelerle Vergi Usul Kanunu’nun anılan hükmünün Anayasa’ya aykırı olmadığına ve itirazın reddine karar vermiştir:

"İtiraz konusu kural, mükelleflerin gelirinin istisna, muafiyet vb. nedenlerden dolayı vergiye tabi olup olmadığı konusunda şüpheye düştükleri matrahları için iddia ve savunmalarını bir yargı mercii önünde ileri sürebilmeleri imkânını sınırlamaktadır. Ancak istisnaları ile birlikte değerlendirildiğinde kuralın, mahkemeye erişim hakkının özüne dokunmadığı ve hak arama özgürlüğünü ölçüsüz bir şekilde engellemediği anlaşılmaktadır.

Uygulamada hangi tür beyannamelere ihtirazi kayıt konulabileceği kanuni süresi içinde veya kanuni süresinden sonra verilen beyannamelere ihtirazi kayıt konulup konulamayacağı hususlarından dolayı dava açma hakkının tanınıp tanınmayacağı sorunu ise doğrudan doğruya itiraz konusu kuralla ilişkili olmayıp ihtirazi kaydın kapsamı ile ilgilidir.

Somut olayda da olduğu gibi, ihtirazi kaydın uygulamada ortaya çıkan ve düzeltme beyannamesi olarak adlandırılan beyannamelere konulup konulamayacağı; konulabilse dahi dava açma hakkını tanıyıp tanımayacağı esasında itiraz konusu kuralın değil, kuralın istisnasının kanuni dayanağı olan 2577 sayılı Kanun’un 27. maddesinin (4) numaralı fıkrasının yorumundan kaynaklanmaktadır.

Öte yandan, 2577 sayılı Kanun’un 27. maddesinin 4 numaralı fıkrasında “ihtirazi kayıtla verilen beyannameler üzerine yapılan işlemlerle tahsilat işlemlerinden dolayı açılan davalar” ibaresiyle beyannameler arasında herhangi bir ayrım yapılmadığı görülmektedir.

Her ne kadar kanuni süresinden sonra verilen beyannamelere ihtirazi kayıt konulup konulamaması hususunun içtihat farklılığına neden olduğu gerekçesiyle Anayasa’ya aykırı olduğu ileri sürülmüş ise de herhangi bir düzenlemenin mahkemeler arasında içtihat uyuşmazlıklarına neden olması yargılama hukukunun doğası gereği her zaman mümkün olup bu durumun anayasal bir sorun oluşturması söz konusu değildir. Kaldı ki hukuk sistemi içerisinde mahkemeler arasındaki içtihat uyuşmazlıklarını çözecek hukuki yollara yer verilmiştir..."

Görüleceği üzere Anayasa Mahkemesi kararıyla, kanuni süresinden sonra verilen beyannamelere (düzeltme beyannameleri dahil) ihtirazi kayıt konulması ve dava yoluna gidilmesinin önü tamamen kapatılmıştır.