Bilindiği üzere Maliye Bakanlığı'nca yayımlanan 421 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği ile aşağıda sayılan mükellef gruplarına elektronik defter tutma ve elektronik fatura düzenleme zorunluluğu getirilmiştir.
a) Petrol Piyasası Kanunu kapsamında madeni yağ lisansına sahip olanlar ile bunlardan 2011 takvim yılında mal alan mükelleflerden 31/12/2011 tarihi itibariyle asgari 25 Milyon TL brüt satış hasılatına sahip olanlar.
b) Özel Tüketim Vergisi Kanununa ekli (III) sayılı listedeki malları imal, inşa veya ithal edenler ile bunlardan 2011 takvim yılında mal alan mükelleflerden 31/12/2011 tarihi itibariyle asgari 10 Milyon TL brüt satış hasılatına sahip olanlar.
Anılan düzenlemeler kapsamında, elektronik fatura uygulamasından yararlanan mükelleflerin birbirlerine yapmış oldukları mal teslimi veya hizmet ifaları için elektronik fatura düzenlemeleri zorunlu hale gelmiştir.
Elektronik fatura uygulamasından yararlanan kayıtlı kullanıcıların güncel listesi www.efatura.gov.tr internet adresinden sürekli güncellenmek suretiyle yayımlanmaktadır.
Elektronik fatura uygulamasından yararlanan mükelleflerin fatura düzenlemeden önce muhatabın www.efatura.gov.tr internet adresinde yer alan kayıtlı kullanıcı listesine kayıtlı olup olmadığını kontrol etmeleri, kayıtlı kullanıcı ise elektronik fatura, kayıtlı kullanıcı değilse kâğıt fatura düzenlemeleri gerekmektedir.
Mükelleflere ait elektronik faturaların yine mükelleflere ait bilgi işlem sistemlerinde saklanması esas olup üçüncü kişiler nezdinde de elektronik saklama yapılabilmektedir. Başka mükelleflerden elektronik saklama hizmetinin alınması mükelleflerin elektronik faturalarının muhafaza ve ibraz sorumluluğunu ortadan kaldırmamaktadır.
Başka mükelleflere ait elektronik faturaları saklama hizmeti verenler, elektronik fatura uygulamasını bilgi işlem sistemlerinin entegrasyonu yöntemiyle kullanmak zorundadırlar.
Elektronik fatura ve elektronik defter uygulamasına geçme zorunluluğu getirilen mükellefler; tam bölünme, birleşme (devralma şeklinde birleşme ve yeni kuruluş şeklinde birleşme) veya tür (nev'i) değişikliğine gitmeleri halinde devrolunan veya birleşilen tüzel kişi mükellefler ile tam bölünme veya tür (nev'i) değişikliği sonucunda ortaya çıkan yeni tüzel kişi mükellefler de elektronik fatura uygulamasına geçmek ve elektronik defter kullanmak zorundadırlar.
Bilgi işlem sistemlerinin entegrasyonu yöntemiyle elektronik fatura uygulamasından yararlanan mükellefler, sistemlerini kesintisiz 7 gün 24 saat fatura ve ilgili mesajları alabilir ve gönderebilir halde açık tutmak zorundadırlar. Mücbir sebepler dışında bu zorunluluğa uymayan mükelleflerin entegrasyon izinleri Gelir İdaresi Başkanlığı'nca iptal edilebilecektir. Bu durumda Başkanlık tarafından portal hesapları otomatik olarak açılacaktır. Entegrasyon izni iptal edilen ve portal hesapları açılan mükelleflerin isterlerse Başkanlıktan izin almış bir özel entegratör ile de anlaşabilmesi ve elektronik fatura uygulamasını özel entegrasyon yöntemi ile kullanabilmesi mümkündür.
421 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği'nde elektronik fatura uygulamasına dahil olma zorunluluğu getirilen mükelleflerin elektronik fatura uygulamasına kayıtlı olan diğer mükelleflere kâğıt ortamında fatura düzenleyemeyecekleri; düzenlemeleri halinde kâğıt ortamında düzenlenen bu faturaların hiç düzenlenmemiş sayılacağı belirtilmişti. Bu durum özellikle KDV İadesi alan mükelleflerin anılan kağıt faturalarda gösterilen KDV'leri iade hesaplarından ve yasal kayıtlarından çıkarması ve taraflara fatura bedeli üzerinden %10 oranında özel usulsüzlük cezası kesilmesi sonucunu doğurmaktaydı. Bu ağır müeyyidenin mükelleflerin haklarında yasal olmayan mağduriyetlere sebep olması nedeniyle, Maliye Bakanlığı'nca 448 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği'nde yapılan düzenleme uyarınca, kağıt ortamında düzenlenen faturaların yok hükmünde sayılması uygulamasına son verilmiştir. Ancak bu zorunluluğa uymayan bir başka deyişle e-fatura düzenlemesi gerektiği halde kağıt ortamında fatura düzenleyen mükelleflere, Vergi Usul Kanunu'nun mükerrer 355. maddesi uyarınca 1.300 -TL özel usulsüzlük cezası kesilmesi söz konusudur.